Predavanje Dr. Dan Jacobsona: Network-Based Discovery
Dr. Dan Jacobson z Oak Ridge National Laboratoryja iz ZDA bo imel v četrtek, 8. septembra ob 15. uri, predavanje z naslovom »Network-Based Discovery: Seeing the Forest for the Trees – Adventures with 82,000 Phenotypes «. Predavanje gosti Nacionalni inštitut za biologijo v Biološkem središču, Večna pot 111, v Ljubljani, v predavalnici B3.
Biološki organizmi so kompleksni sistemi sestavljeni iz omrežij pleiotropnih funkcijskih interakcij med molekulami in makromolekulami. Kompleksni fenotipi so posledica orkestriranih, hierarhičnih in heterogenih zbirk izraženih genskih različic. Učinki teh različic so posledica zgodovinskega selektivnega pritiska in aktualnih okoljskih in epigenetskih signalov, zato lahko njihovo sopojavnost predstavimo z genomskimi korelacijami, in sicer na več različnih načinov. Številne pleitropične interakcije v celicah lahko povzročijo perturbacijo fenotipov, npr. interakcije v celični steni lahko vplivajo na druge ključne funkcije, tudi interakcijo rastline z mikrobi. V naših raziskavah uporabljamo podatke resekvenciranja več kot 1000 genotipov ameriškega črnega topola (Populus trichocarpa) v kombinaciji s transkriptomiko, metabolomiko in fenomiko iste populacije dreves, da bi bolje razumeli molekularne interakcije, ki sodelujejo pri odpornosti biomase na razgradnjo z mikrobi (rekalcirtanco). Pridobljena omrežja asociacijskih študij na celotnem genomu (GWAS), integrirana s korelacijami polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP-ov) in koekspresijskimi omrežji, predstavljajo močno orodje za preučevanje pleiotropičnih in epistatskih odnosov osnovnih celičnih funkcij, ki predstavljano molekularno osnovo kompleksnih fenotipov kot je rekalcitranca, in omogočajo postavljanje hipotez tudi o drugih fenotipih, ki bi lahko bili povezani s tem procesom.
