Z novimi biomarkerji do razvoj novih terapij v personalizirani medicini
V reviji Metabolites je bil objavljen članek z naslovom »General Unified Microbiome Pipeline (GUMPP) for Large Scale, Streamlined and Reproducible Analysis of Bacterial 16S rRNA Data to Predicted Microbial Metagenomes, Enzymatic Reactions and Metabolic Pathways«, ki ga je uredništvo revije zaradi aktualnosti teme izbralo za naslovni članek.
Glavni avtor članka prof. dr. Blaž Stres, s Katedre za mikrobiologijo in mikrobno biotehnologijo na Oddelku za zootehniko pojasni, da so v okviru raziskave za napovedovanje metagenomskih funkcionalnih genov, encimskih reakcij in presnovne poti iz amplikonskih podatkov razvili program »General Unified Microbiome Profiling Pipeline (GUMPP)«. S pomočjo programa lahko iz obsežnih podatkov za ponovljivo in standardizirano analizo bakterijskih 16S rRNA izdelajo podatkovne nize, ki na koncu prepoznajo biokemične poti, značilne za patologijo bolezni. »Črevesna mikrobiota je sestavljena iz ogromnega števila različnih bakterij, arhej, gliv in praživali, poleg virusov in različnih mobilnih elementov. Vsi ti mikrobi sodelujejo z gostiteljem (npr. človekom), okoljskimi dražljaji in med seboj, tako da ustvarjajo ogromno raznolikost kemičnih spojin, ki igrajo ključno vlogo pri razvoju, počutju in staranju gostiteljev. Program GUMPP omogoča obsežne študije mikrobioma in s tem ustvarja analitične priložnosti za razumevanje, kako te skupnosti delujejo in se odzivajo na njihove zapletene okoljske dražljaje. Čeprav sta znanje o taksonomiji in funkcionalnih genih mikroorganizmov pomembna, so funkcionalni geni bolj povezani z encimskimi reakcijami in presnovnimi potmi. To vedno bolj kaže na to, da mikrobiom vpliva na zdravstveno stanje gostitelja in napredovanje različnih kroničnih bolezni. Poleg tega je mikrobiom vključen v vrsto presnovnih motenj, od presnovnega sindroma in debelosti do avtoimunskih bolezni, psiholoških motenj in okužb.«
Avtorji članka so tudi dr. Boštjan Murovec (Fakulteta za elektrotehniko), Leon Deutsch (Biotehniška fakulteta) in dr. Blaž Stres (Biotehniška fakulteta, Fakulteta za gradbeništvo in geodezijo in Inštitut Jožef Stefan).
Povezava do junijske številke revije Metabolites https://www.mdpi.com/2218-1989/11/6
Povezava do članka General Unified Microbiome Pipeline (GUMPP) for Large Scale, Streamlined and Reproducible Analysis of Bacterial 16S rRNA Data to Predicted Microbial Metagenomes, Enzymatic Reactions and Metabolic Pathways https://www.mdpi.com/2218-1989/11/6/336
Foto: IJS
