Načrtovanje proteinov z uporabo Rosetta in AlphaFold2

Na Kemijskem inštitutu pripravljajo v četrtek, 23. junija 2022 od 9. – 17. uri v Veliki predavalnici delavnico o novem načrtovanju proteinov z uporabo Rosetta in AlphaFold 2.  Slovenija Dizajn proteinov ima velik tehnološki pomen, saj lahko reši marsikatere biomedicinsko pomembne izzive. Primeri načrtovanih proteinov vključujejo nove terapevtske učinkovine (inhibitorji COVID-19, cepiva proti COVID-19, zaviralci gripe), nanomateriale (kletke, plasti, vlakna) in senzorje. Delavnica bo zasnovana kot hitri tečaj načrtovanja proteinov in bo predstavila, kaj vse je možno narediti s trenutno tehnologijo. Udeleženci se bodo naučili, kako iz nič zgraditi protein iz štirih alfa vijačnic (tj. samo z uporabo matematike). Na koncu delavnice bodo pridobili zaporedje za protein, ki se zvije v načrtovano obliko. Predstavljene bodo osnove programskega paketa Rosetta, parametričnega oblikovanja ogrodja, oblikovanja zank in oblikovanja stranskih verig, pa  tudi osnove Alphafold 2 in njegove uporabe. Delavnico bo vodil dr. Ajasja Ljubetič, štipendist Marie Skłodowska-Curie, ki je postdoktorsko izobraževanje opravljal v laboratoriju Davida Bakerja (Seattle, USA). Laboratorij spada med najbolj znane laboratorije za načrtovanje proteinov.  Delavnica je namenjena diplomskim, magistrskim in doktorskim študentom, kot tudi podoktorskim raziskovalcem in mladim znanstvenikom, ki jih zanima načrtovanje proteinov. Udeleženci morajo biti seznanjeni z osnovami strukture proteinov (kaj je alfa vijačnica, kaj je proteinski skelet in kaj so stranske verige). Priporočene so tudi osnove programskega jezika Python (kako uvoziti module in izvršiti ukaze). Udeleženci morajo na delavnico prinesti lastni prenosni računalnik. Za izračune bo uporabljeno okolje Google Colab, zato je potreben le spletni brskalnik,  potrebovali bodo Google uporabniški račun.

Prijave:  https://tinyurl.com/RosettaCrashCourse

Foto: wikipedia